На 2000 г. пришелся 600-летний юбилей обновления Ягеллонского Университета, древнейшего польского вуза. В 1400 г. Владислав Ягайло обновил университет, основанный как Краковская Академия в 1364 г. Казимиром Великим. Он является древнейшим в центральной Европе (после пражского) университетом. Он излучал интеллектуальную мысль на всю Европу. Период Золотого Века - это лучшее для Кракова время, когда формировались направления гуманизма и реформации, определяющие будущее тождество города. Студентами Ягеллонского Университета были, в частности, Николай Коперник, гелиоцентрическая теория которого стала эпохальным открытием и Кароль Войтыла, будущий папа римский Иоанн Павел II.
Ягеллонский Университет занимает высокие места в рейтингах польских вузов и сохраняет ведущую позицию среди 17 краковских вузов. К главным вузам города относятся также: Горно-металлургическая академия, Краковский политехнический институт, Экономический университет, а также Академия Художеств – старейший в Польше художественный вуз. На территории города находятся порядка 100 научно-исследовательских институтов. Старейшим научным центром является Польская Академия Знаний, основанная в 1816 г.
Академическая трасса проводит туриста по наиболее значительным старинным учебным заведениям.