Кафедральный музей имени Иоанна Павла Второго был основан в 1972 году. Основным музеем является Кафедральный дом на Вавельском холме, открытый кардиналом Каролем Войтылой в 1978 году. Это было его последнее выступление перед тем, как занять пост Папы Римского.
Вскоре после этого было принято решение назвать этот музей в честь Иоанна Павла Второго. В музее представлены памятники Вавельской сокровищницы и Капитулярной Библиотеки, представляющие собой бесценные и уникальные экспонаты.
В 2008 году была открыта новая экспозиция, в которую входили произведения искусства Кафедральной Сокровищницы и вещи, хранящие в себе память о Иоанне Павле Втором.
Выставка разделена на четыре части: Королевский зал, Зал Кафедральной Сокровищницы XI-XVI века, Зал Кафедральной Сокровищницы XVII-XX веков, Зал Папы Римского.
Экспозиция охватывает важнейшие старинные регалии Польши и предметы религиозного культа, художественное искусство, картины и скульптуры королевского двора и епископства, относящиеся к ценнейшим памятникам Польского Народа.